XDJ1, a gene encoding a novel non-essential DnaJ homologue from Saccharomyces cerevisiae

The gene encoding a novel DnaJ-like protein, termed Xdj1, has been identified by amplification of Saccharomyces cerevisiae genomic DNA. An open reading frame of 1380 bp was detected. Disruption of XDJ1 did not yield any detectable new phenotype. A double-deletion strain containing a disruption of both XDJ1 and YDJ1, another gene coding for a DnaJ-like protein, was still viable. Under a variety of growth conditions, no XDJ1 transcripts could be detected by Northern blot analysis and no translation product was found by immunoblotting with antibody against Xdj1 produced in Escherichia coli. Thus, XDJ1 is either expressed only under very specific conditions or represents a silent gene

Lumineszierende Poly(pyridyl)ruthenium(II)-Komplexe : Synthese, Bindung an Nukleinsäuren und zelluläre Aufnahmestudien

Die vorliegende Arbeit behandelt die Synthese von unterschiedlich funktionalisierten Poly(pyridyl)ruthenium(II)-Komplexen und deren biologischen Anwendung. Durch Kopplung eines Anthrachinonderivats an Poly(pyridyl)ruthenium(II)-Komplexe konnte die Wechselwirkung dieser Komplexe mit Polynukleotiden sowie die Zellgängigkeit verbessert werden. Es zeigte sich weiterhin, dass Substituenten an den Bipyridin-Liganden die Wechselwirkung der Komplexe mit Polynukleotiden modulieren. Kleine, wasserstoffbrücken-bildende bzw. positiv geladene Substituenten förderten die Bindung an Polynukleotide. Dahingegen verhinderten große bzw. negativ geladene Substituenten die Wechselwirkung dieser Rutheniumkomplexe mit Polynukleotiden. Aufnahmegeschwindigkeit, -mechanismus und Verteilung der synthetisierten Poly(pyridyl)ruthenium(II)-Komplexe wurde an drei adhärenten Krebszelllinien sowie an einer Krebssuspensionszelllinie untersucht. Die adhärenten Zelllinien zeigten ein anderes Aufnahmeverhalten als die Suspensionszelllinien. Während die adhärenten Zellen die Rutheniumkomplexe hauptsächlich durch energieabhängigen Transport akkumulierten, wurden die unpolarsten Komplexe der getesteten Reihe von den Suspensionszellen über energieunabhängige Transportwege aufgenommen. Alle Zelllinien zeigten nach 4 h Inkubationszeit mit den Rutheniumkomplexen die für Poly(pyridyl)ruthenium(II)-Komplexe typische punkförmige Verteilung im Zytoplasma mit Aussparung des Zellkerns. Weiterhin wurden [Ru(HDPA)2dppz]2+ (HDPA = Di-2-pyridylamin, dppz = Dipyrido-[3,2-a:2‘,3‘-c]phenazin) und dessen Derivate hergestellt und hinsichtlich ihrer Fluoreszenz-eigenschaften, Erkennung von DNA-Defektstrukturen und zellulären Verteilung untersucht. Von strukturell ähnlichen Komplexen ist in der Literatur bekannt, dass diese nur bei tiefen Temperaturen Fluoreszenz aufweisen. Durch Alkylierung des HPDA-Liganden konnte in aprotischen Lösungsmitteln Fluoreszenz bei Raumtemperatur erreicht werden. Es zeigte sich, dass die alkylierten Komplexe als Fluoreszenzsensoren für die Erkennung von Basenfehl-paarungen in DNA geeignet sind. Zudem wurden alle dppz-Rutheniumkomplexe von HeLa-Zellen akkumuliert und wiesen wiederum die für Poly(pyridyl)ruthenium(II)-Komplexe typische punktförmige Verteilung im Zytoplasma ohne Anfärbung des Nukleus auf

Systematic review about data quality and protocol compliance in clinical trials

Bei Investigator Initiated Trials (IITs) werden alternative risikoadaptierte Monitoring-Strategien in Abhängigkeit vom individuellen Studiendesign und dem Risikoprofil diskutiert, um bei oft restriktiven Ressourcen eine den gesetzlichen Vorgaben genügende Qualität der Studiendurchführung und der Daten zu gewährleisten. Aufgrund einer Literaturanalyse sollten in der vorliegenden Arbeit Untersuchungen ausgewertet werden, in denen quantitative Aussagen zu Datenqualität und Prüfplan-Compliance in klinischen Prüfungen gemacht wurden. Bei der Interpretation der Ergebnisse sollten die implementierten Qualitätssicherungsmaßnahmen berücksichtigt werden. Aufgrund einer systematischen Recherche in MEDLINE konnten 21 Publikationen identifiziert werden, bei denen die Daten- und Prozessqualität in klinischen Prüfungen untersucht, die Qualität durch Überprüfungen mit Source Data Verification vor Ort oder Überprüfung übermittelter Quelldaten in der Studienzentrale ermittelt wurde und quantitative Informationen zu den Bereichen Datenqualität, Protokoll-Compliance oder Defizite bei Einwilligungserklärungen vorlagen. Die Mehrzahl der Untersuchungen ist drei Organisationen zuzuordnen: European Organization für Research and Treatment of Cancer (EORTC) (n=7), National Cancer Institute (NCI) (n=7) und Untersuchungen der Trans-Tasman Radiation Oncology Group (TROG) (n=4). Darüber hinaus wurden drei Untersuchungen weiterer Studiengruppen identifiziert. Die Untersuchungen wurden im Zeitraum von 1981 bis 2003 publiziert. Überwiegend wurden in der Literatur onkologische Studien betrachtet (n=19), wobei die Radiotherapie im Vordergrund stand (n=8). Für die EORTC-Studien wurde in der Regel eine gute Datenqualität berichtet (80-90% korrekte Daten). Punktuelle Probleme wurden im Hinblick auf die Protokoll-Compliance und das Berichten von Nebenwirkungen/schwerwiegenden unerwünschten Ereignissen festgestellt. Eine gute Qualität wurde ebenfalls bzgl. des korrekten Einschlusses von Patienten beobachtet. Durch das NCI wurde ein standardisiertes Audit-System eingeführt und innerhalb von kooperativen Studiengruppen implementiert. Im Rahmen dieser Audits wurden verschiedene Kriterien überprüft und eine überwiegend gute Datenqualität und Protokoll-Compliance festgestellt. Mängel wurden in ca. 5% der Fälle im Hinblick auf die Einwilligungserklärung, die korrekte Anwendung der Einschlusskriterien, Protokollverletzungen, bei der Ermittlung des Zielkriteriums, der Erfassung der Toxizität, der adäquaten Datenlieferung und bei der Datenverifikation beobachtet. In einzelnen Untersuchungen ergaben sich Probleme mit der Behandlungscompliance (10-20%), bei Protokollabweichungen im Hinblick auf die Arzneimitteldosis (10%) und bei der Drug Accountability (15%). Von der TROG wurde ein Qualitätssicherungsprozess implementiert, der auf zentralem Monitoring von kopierten Quelldaten basiert. Durch den Qualitätssicherungsansatz der TROG konnten schwerwiegende Probleme mit der Protokoll-Compliance unter 10% gesenkt werden, ebenso konnte eine gute Datenqualität mit einer Fehlerrate unter 5% erreicht werden. Die korrekte Handhabung von Ein- und Ausschlusskriterien stellte in Einzelfällen ein Problem dar. Zusammenfassend kann festgestellt werden, dass die in dem Review erfassten Studiengruppen von einer guten Datenqualität und einer guten bis moderaten Protokoll-Compliance berichten. Diese basiert nach Aussage der Autoren im wesentlichen auf etablierten Qualitätssicherungs-Prozeduren, wobei das durchgeführte Audit ebenfalls einen potentiellen Einflussfaktor darstellt. Geringe Probleme wurden in der Regel im Hinblick auf die Einwilligungserklärung, die korrekte Handhabung der Ein- und Ausschlusskriterien und die Datenqualität beobachtet. In einzelnen Studien gab es jedoch Probleme mit der Protokoll-Compliance. Insgesamt hängen Anzahl und Art der Mängel von dem Studientyp, dem Qualitätsmanagement und der Organisation der Studiengruppe ab. Wissenschaftsbetrug wurde nur in sehr wenigen Fällen durch die Audits festgestellt. Die vorgelegten Informationen beziehen sich nahezu ausschließlich auf etablierte Studiengruppen; bezüglich Datenqualität und Protokoll-Compliance außerhalb der Studiengruppen liegen kaum Informationen in der Literatur vor. Bei der Bewertung der Ergebnisse sollte berücksichtigt werden, dass es sich zum Teil um Eigenauswertungen der Studiengruppen und nicht um unabhängige externe Prüfungen (z.B. externe Audits) handelt. Inwieweit die Ergebnisse einer konsequenten Überprüfung nach derzeitigen Good Clinical Practice (GCP) – Regeln standhalten würden, kann aus der Analyse nicht beantwortet werden. Aus der vorliegenden Literaturanalyse ergeben sich Konsequenzen für die Planung einer prospektiven kontrollierten Studie zum Vergleich unterschiedlicher Monitoring-Strategien. Wesentlicher Einflussfaktor für die Datenqualität und Protokollcompliance in einer klinischen Studie ist das Qualitätsmanagement. Dieses Qualitätsmanagement umfasst neben Monitoring zahlreiche andere Maßnahmen. Um zu einer Bewertung von Monitoringstrategien kommen zu können, müssen daher alle Qualitätssicherungsmaßnahmen im Rahmen einer Studie berücksichtigt werden. Für den Vergleich unterschiedlicher Monitoringstrategien sind geeignete Zielparameter zu definieren (z.B. schwerwiegende Defizite bzgl. Ein- und Ausschlusskriterien, Sicherheit). Die vorliegende Analyse ergibt, dass bei gutem Qualitätsmanagement ohne umfassendes vor Ort Monitoring schwerwiegende Fehler nur mit relativ niedriger Häufigkeit festgestellt wurden. Unterschiede zwischen Monitoringstrategien könnten, gegeben ein funktionierendes Qualitätsmanagementssystem, sich als quantitativ gering erweisen. Testet man auf Äquivalenz von Monitoringstrategien, sind nur niedrige Differenzen zu akzeptieren, was wiederum eine Auswirkung auf die Fallzahlplanung hat. Weiterhin muss berücksichtigt werden, dass zur Feststellung der Auswirkung unterschiedlicher Monitoringstrategien auf die Sicherheit der Patienten und die Validität der Daten im Rahmen einer kontrollierten Untersuchung ein unabhängiges Audit notwendig ist. Dabei ist zu berücksichtigen, dass ein Audit bereits einen möglichen Einflussfaktor für die Datenqualität und Protokoll-Compliance darstellen kann, und damit eine Bewertung des Nutzens einer Monitoringstrategie erschwert werden könnte. Schlüsselwörter: systematisches Review, Datenqualität, Protokoll-Compliance, klinische StudieFor Investigator Initiated Trials (IITs) alternative risk-adapted monitoring strategies are discussed in order to fulfill rules and regulations, taking into consideration the restricted resources. In this systematic review investigations, presenting quantitative data about data quality and protocol compliance in clinical trials, are analyzed. The results are discussed taking into account the quality assurance procedures implemented. Based on a systematic MEDLINE retrieval, 21 studies could be identified in which data and process quality in clinical trials were investigated and assessed by site visits with source data verification or review of copied source data in the study center and quantitative information about data quality and protocol compliance was available. The majority of investigations were performed by three organizations: European Organization for Research and Treatment of Cancer (EORTC) (n=7), National Cancer Institute (NCI) (n=7) and investigations of the Trans-Tasman Radiation Oncology Group (TROG) (n=4). In addition three investigations of other study groups were identified. The investigations were published between 1981 and 2003. In the majority of cases oncological trials were investigated (n=19) with a focus on radiotherapy trials (n=8). In the EORTC-trials an overall good data quality was assessed (80–90% correct data). Singular problems were found with respect to protocol compliance and reporting of adverse reactions and serious unexpected events. Good quality was also observed with respect to the correct inclusion of patients into trials. By the NCI a standardized audit system was introduced and implemented within cooperative study groups. In the context of these audits different criteria were assessed and a good data quality and protocol compliance were measured. Deficits occurred in about 5% of the cases with respect to informed consent, correct application of inclusion criteria, protocol compliance, assessment of outcome criteria, assessment of toxicity, adequate data reporting and data verification. In some investigations problems with treatment compliance (10-20%), drug dose deviations (10%) and drug accountability (15%) were identified. By the TROG a quality assurance procedure was implemented, based on central monitoring of copied source data. By this approach major problems with protocol compliance could be reduced to less than 10% together with a good data quality with an error rate under 5%. The correct handling of in- and exclusion criteria was a problem in individual cases. In summary we found out that good data quality and good to moderate protocol compliance were reported by the study groups that are included in the systematic review. Due to the authors this is mainly due to an established quality assurance system, taking into consideration that audits itself may be an influential factor. Generally, minor problems were observed with respect to informed consent, correct handling of in- and exclusion criteria and data quality, however, in some studies there were problems with protocol compliance. Overall, number and type of deficits depend on study type, quality management and organization of the study group. Fraud was detected only in very few cases. The available evidence refers mainly to established study groups; for data quality and protocol compliance outside these groups only few information is available. However, it should be taken into consideration, that the analysis was performed, at least partly, by the study groups themselves and is not based on independent audits (e.g. external audits). The analysis cannot answer the question whether the results would have been replicable if a strict review according to criteria of Good Clinical Practice (GCP) would have been performed. From the systematic review consequences have to be taken for planning a prospective controlled trial comparing different monitoring strategies. The main influence factor for data quality and protocol compliance in a clinical trial is the quality management system. Quality management covers several other measures apart from monitoring. In order to assess monitoring strategies, all quality assurance procedures within a clinical trial have to be taken into consideration. For the comparison of different monitoring strategies adequate outcome parameter have to be defined (e.g. severe deficits with respect to inclusion and exclusion criteria, safety). The analysis indicates that with good quality management and no extensive on-site monitoring severe errors were detected only at relative low frequency. It could well be that with an efficient quality management system differences between monitoring strategies would be small. In order to demonstrate statistical equivalence of monitoring strategies, only small differences can be accepted which again leads to consequences for the sample-size calculation. In addition, it must be taken into consideration that within a controlled trial an independent audit is necessary to assess the effect of different monitoring strategies on the safety of patients and the quality of data. Audits however may be a possible influence factor for data quality and protocol compliance and may complicate the evaluation of the benefit of a monitoring strategy. Keywords: systematic review, data quality, protocol compliance, clinical tria

Graz, Originalsammlung des Instituts für Archäologie der Karl-Franzens-Universität

The volume contains 93 objects originating from workshops of the East Greek Area, the island of Cyprus, the Greek homeland and the Western Mediterranean like South Italy or Etruria.The pieces are shown to a large extent for the first time. Among the geometric pottery a fragment of a monumental crater of the Dipylon workshop is particularly noteworthy, among the Corinthian pottery two large alabastra of the Luxus-group emerge, but the Attic red-figure style is represented as the most prominent by a hydria of the Berlin painter.Der Band veröffentlicht 93 Gefäße der Archäologischen Sammlungen der Universität Graz. Er enthält Objekte aus der Bronzezeit Zyperns, der geometrischen , archaischen und klassischen Zeit Griechenlands sowie Keramik aus etruskischen, kampanischen, apulischen, apulisch-lukanischen und sizilischen Werkstätten. Besonders hervorzuheben sind geometrische Fragmente der Dipylon-Werkstatt, korinthische Gefäße der Luxus-Gruppe und eine Hydria des Berliner Malers

The archaeal exosome localizes to the membrane

AbstractWe studied the cellular localization of the archaeal exosome, an RNA-processing protein complex containing orthologs of the eukaryotic proteins Rrp41, Rrp42, Rrp4 and Csl4, and an archaea-specific subunit annotated as DnaG. Fractionation of cell-free extracts of Sulfolobus solfataricus in sucrose density gradients revealed that DnaG and the active-site comprising subunit Rrp41 are enriched together with surface layer proteins in a yellow colored ring, implicating that the exosome is membrane-bound. In accordance with this assumption, DnaG and Rrp41 were detected at the periphery of the cell by immunofluorescence microscopy. Our finding suggests that RNA processing in Archaea is spatially organized.Structured summaryMINT-7891213: Rrp41 (uniprotkb:Q9UXC2) and DnaG (uniprotkb:P95980) colocalize (MI:0403) by cosedimentation in solution (MI:0028)MINT-7891235: Rrp41 (uniprotkb:Q9UXC2), DnaG (uniprotkb:P95980) and SlaA (uniprotkb:Q2M1E7) colocalize (MI:0403) by cosedimentation through density gradient (MI:0029)MINT-7891278: Rrp41 (uniprotkb:Q9UXC2) and DnaG (uniprotkb:P95980) colocalize (MI:0403) by fluorescence microscopy (MI:0416

Massive U(1)s and Heterotic Five-Branes on K3

We systematically consider heterotic SO(32) and E8 x E8 compactifications on K3 with Abelian and non-Abelian backgrounds as well as an arbitrary number of five-branes. The masses of the U(1) factors depend on the first Chern classes of the bundles and some combinatorial factors specifying the embedding in SO(32) or E8. The form of the generalised Green-Schwarz counter-terms in six dimensions constrains the possible heterotic five-brane actions. Some supersymmetric examples on K3 realisations as toric complete intersection spaces with up to three explicit two-forms are given.Comment: 26 pages, 1 figure; v2: refs added, over-all normalisation of GS & CS terms changed by